Trước đó, từ ngày 1 đến 6/1/2009, Newopenworld đã tạm dừng tiếp nhận các phiếu bầu để xem xét, đánh giá lại các đề cử của các quốc gia tham gia cuộc bầu chọn.Có tổng cộng 261 di sản lọt vào giai đoạn 2, trong đó Châu Á (và một phần Châu Âu - BTC gộp chung) có 63 di sản. Ở giai đoạn 2 này, Newopenworld đã sắp xếp các di sản thành các loại hình riêng biệt như: bãi biển, sông, hồ, khu bảo tồn thiên nhiên, núi lửa...

Đặc biệt, mỗi quốc gia chỉ còn có 1 di sản được tham gia bầu chọn (trừ trường hợp di sản ấy nằm chung biên giới với 1 hay nhiều quốc gia khác). Như vậy, Việt Nam chỉ còn có Vịnh Hạ Long lọt vào giai đoạn 2 (và một “di sản chung” nữa là sông Mê Kông). Hai di sản khác là Phong Nha - Kẻ Bàng của tỉnh Quảng Bình và Phan Si Păng của tỉnh Lào Cai đã bị loại khỏi danh sách bầu chọn.

Theo thông báo của Newopenworld, ở giai đoạn 2 này, mọi người trên thế giới sẽ tiếp tục lựa chọn trong danh sách 261 kỳ quan để bầu chọn ra 7 kỳ quan. Ngày 21-7-2009, BTC sẽ công bố 21 kỳ quan lọt vào vòng chung kết.